配制培养基时要预先做好准备，首先要依据培养物和培养目的确定其培养基配方；再根据培养材料以及实验处理的多少，确定其培养基的用量；然后准备好所需的用具。
培养基配制程序如下：
1. 将贮存的各种母液按顺序依次放好。
2. 将各种洁净的玻璃器皿如培养瓶、量筒、烧杯、吸管、玻璃棒、漏斗等，放在指定的位置。准备好蒸馏水或无离子水及瓶盖或封口膜、包纸、橡皮筋等。
3. 称取规定量的琼脂和蔗糖，将琼脂置于精钢锅或者电饭煲中，加水至培养基最终容积的3/4或1/2，随之加热使之溶解，注意防止煳锅底和溢出。琼脂必须完全溶化，以免造成浓度不均。
琼脂不能过多，不然会导致培养基太硬，含水太少，通气不良；反之，培养基太软，植物材料则难以固定。由于琼脂较难溶解，所以在制备培养基时，应首先加热溶解。
4. 按母液顺序，根据不同母液的浓缩倍数移取规定的量（查看母液的配制方法和浓缩倍数），
各母液移取量计算公式为：
母液移取量（ml）= 待配制培养基体积（ml）/母液的扩大倍数
激素母液移取量（ml）= 培养基所需的激素质量（mg）/ 母液浓度（mg/ml）
如配制1L MS培养基移取浓缩10倍的大量元素母液为100mL。母液加完后，再经过计算加入所需要的植物生长调节剂。
在加入母液或生长调节剂时，应事先检查这些药品是否已经变色或产生沉淀，若出现这些现象就停止使用。加完后一并倒入已溶化的琼脂中，并再加入蔗糖。
5. 加蒸馏水定容至培养基的最终容积。
6. pH值调整。培养基的pH值（酸碱度）直接影响培养物对离子的吸收，所以过酸或过碱都会影响植物的生长。此外，琼脂培养基的pH值还影响到其凝固程度，所以当培养基配制好以后，应随即进行pH值的调整（一般pH值为5.6-6.0）。
最好是用酸度计测试，即快又准，如无此设备也可以用精密pH试纸（应在干燥容器中保存，以免吸潮而失效）。若培养基偏酸就用1mol/L的氢氧化钠来调节，偏碱则用1mol/L的盐酸来调节。
经高压蒸汽灭菌后，由于某些成分的分解（如蔗糖）或氧化，使培养基的pH值会降低（一般会降低0.2左右）。有时玻璃皿质量较差，其中一部分物质溶解，也会影响酸度的变化，这些再调整培养基的pH值的时候都要考虑进去。
一般在比较成熟的情况下，会在培养基高压蒸汽灭菌前调高一定的pH值，以便适应灭菌后pH值下降的问题，具体调高多少可根据自身实验摸索。
7. 培养基的分装。琼脂约在40℃以下时凝固，因此配制好的培养基要趁热分装，分装时一般用烧杯、漏斗直接精选分注。若条件允许，用培养基灌装机来分注会更加方便。
分装时要掌握好分注量，多了即浪费又减小培养物的生长空间；少了又会因营养不足而影响生长，一般以占培养容器1/4 - 1/3左右为宜，培养基在培养容器中的厚度约为1.5cm。
分装时要注意不要将培养基沾到管壁上，以免引起污染。分装后立即塞上棉塞或者盖上瓶盖或封好封口膜，并在培养瓶上贴标签或用记号笔在瓶壁上作好标注，然后进行灭菌。
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