一个完整的植物组织培养过程一般包括以下几个步骤：
1. 准备阶段
查阅相关文献，根据已成功培养的相近植物资料，结合实际制订出切实可行的培养方案。准备阶段又分为两步：
1.1 培养基的配置与灭菌
根据实验方案配制适当的化学消毒剂以及不同培养阶段所需的培养基，并经高压灭菌或过滤除菌后备用。
1.2 外植体选择与消毒
选择合适的部位作为外植体，采回后经过适当的预处理，然后进行消毒处理。将消毒后的外植体在无菌条件下切割成一定大小的小块，或剥离出茎尖，挑出花药。
2. 初代培养
将外植体接种到诱导培养基后置于培养室或光照培养箱中培养，促使外植体中已分化的细胞脱分化形成愈伤组织，或顶芽、腋芽直接萌发形成芽。这一阶段主要为获得无菌苗、嫩茎、丛芽或愈伤组织，从而建立起无菌培养体系。
3. 继代增殖培养
将初代培养获得的芽、丛芽、嫩茎或胚状体等培养物经切分，反复转移到新的增殖培养基上，进行扩大增殖培养，当芽苗繁殖到一定数量后，再将一部分接种到分化培养基，培养无根芽苗，另一部分保存或继续扩繁。进行脱毒苗培养的需提前进行病毒检测。
4. 生根诱导
刚分化形成的芽苗往往比较弱小，多数无根，此时可以接种到生根培养基上，生根培养基的特点是降低细胞分裂素浓度或不加，提高生长素浓度，促进小苗生根，提高其健壮度。
5. 炼苗移栽
选择生长健壮的生根苗进行室外炼苗，待苗适应外部环境后，再移栽到疏松透气的基质中，注意保温、保湿、遮荫，防止病虫危害。当组培苗完全成活并生长一定大小后，即可移向大田用于生产。
例如：茎尖→表面消毒→接种诱导培养基→茎尖生长→病毒检测鉴定→培养无根小植株→培养生根→完整小植株→炼苗20-25天→移栽成活。
常规情况下详细的生产流程图如下：
对不同的品种词流程会略有差异，如进行果树育苗还需进行嫁接等操作流程，但对组培工厂化育苗而言，一般可根据上面的流程图来安排各项作业，只有相互衔接好、配合好，才能提高生产效益。
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